En el Hospital Universitario San Ignacio,  el  departamento de cirugía está constituido por un grupo de cirujanos subespecializados en diversas áreas como,  cirugía de cabeza y cuello, cirugía de tórax, cirugía cardiovascular, cirugia laparoscopica entre otros.

Las salas de cirugía disponen de modernos equipos para laparoscopia, toracoscopia, microcirugía, cirugía con láser, circulación extracorpórea, sistemas de flujo laminar y monitores para la vigilancia de las funciones vitales durante los procedimientos quirúrgicos.

Gracias a la utilización de avanzadas técnicas quirúrgicas y de anestesia, muchos de los procedimientos se realizan de forma ambulatoria o con corta estancia (hospitalización de uno a dos días).